Badania molekularne (genetyczne) w kierunku SARS-CoV-2

Oprócz objawów i wywiadu, podstawą do rozpoznania aktywnego zakażenia SARS-CoV-2 są badania molekularne – diagnostyka materiału genetycznego wirusa z zastosowaniem techniki RT-PCR.

W ALAB laboratoria stosujemy zalecane w literaturze testy genetyczne, które są zgodne z zaleceniami WHO (World  Health  Organization) i GIS (Główny Inspektorat Sanitarny). W badanym materiale poszukuje się genów charakterystycznych dla koronawirusów. Są to: gen E charakterystyczny dla beta-koronawirusów oraz geny RdRP, N i ORF charakterystyczne dla wirusa SARS-CoV-2.

Aby zminimalizować ryzyko błędu przedlaboratoryjnego niezwykle istotne jest właściwe pobranie materiału. Materiał należy pobierać nie wcześniej niż 48 godzin od kontaktu z osobą zakażoną (najlepiej po 5-7 dniach) lub w momencie wystąpienia objawów. Preferowanym materiałem z górnych dróg oddechowych jest wymaz z nosogardzieli. Materiałem zalecanym jest również wymaz z gardła i błon śluzowych nosa pobrane równocześnie. W przypadku dolnych dróg oddechowych materiałem do badania molekularnego są: plwocina (nieindukowana), aspiraty tchawicze i BAL. Prawidłowo pobrana próbka minimalizuje prawdopodobieństwo otrzymania fałszywego wyniku.

Badania molekularne wykazują najwyższą czułość pomiędzy 7-14 dniem od kontaktu z wirusem SARS-CoV-2. Pokrywa się to z czasem wystąpienia pierwszych objawów zakażenia.

Badania molekularne – wyniki

W sytuacji wykrycia w badanym materiale wszystkich poszukiwanych genów wynik interpretowany jest laboratoryjnie jako wykrycie RNA wirusa. Każdy pacjent z dodatnim wynikiem badania powinien być traktowany jako przypadek potwierdzony.

W przypadku wykrycia wyłącznie genów E, N lub E+N, wynik interpretuje się laboratoryjnie jako niejednoznaczny. Jeśli pacjent z wynikiem niejednoznacznym ma objawy wskazujące na COVID-19 powinien zostać on zakwalifikowany jako przypadek prawdopodobny. Badanie z wynikiem niejednoznacznym należy powtórzyć po 24-48 h.

Po upływie około tygodnia od wystąpienia pierwszych objawów klinicznych, czułość diagnostyki molekularnej (PCR) w zakażeniach SARS-CoV-2 stopniowo maleje. Przyczyną takiego stanu rzeczy jest spadek liczby cząstek wirusa w nabłonku dróg oddechowych. Z tego względu w tym czasie pacjent, pomimo toczącej się infekcji, może otrzymać fałszywie ujemny wynik testu genetycznego.

Zobacz też: Słownik terminów covidowych – te pojęcia warto znać!